The Programming Historian fue fundado en 2008 por William J. Turkel y Alan MacEachern. En aquel entonces, Turkel publicó un blog post en el que explicó sus ideas para el proyecto. Se centró principalmente en Python y se publicó en acceso abierto como un proyecto de “Infraestructura digital” en la Red de Historia y Medio Ambiente de Canada (Network in Canadian History & Environment (NiCHE)).

En 2012, The Programming Historian expandió su equipo editorial y se presentó como una revista académica de metodología para historiadores digitales, de revisión por pares y de acceso abierto. En 2016 añadimos una publicación en español a la publicación inicial en inglés y en 2017 empezamos a publicar lecciones traducidas bajo el título The Programming Historian en español. En 2018 organizamos nuestro primer taller de escritura en español y abrimos una convocatoria para lecciones en español. En ese mismo año añadimos una publicación en francés que lanzó Programming Historian en français en 2019. Un año después, un equipo de habla portuguesa se nos unió e inauguramos Programming Historian em português a principios de 2021.